L'acridine orange est un colorant perméable aux cellules qui se lie aux acides nucléiques. L'acridine orange émet une fluorescence verte lorsqu'elle se lie à l'ADNdb, tandis qu'elle émet une fluorescence rouge lorsqu'elle se lie à l'ADNsb ou à l'ARN.

L'acridine orange peut être utilisée en combinaison avec l'iodure de propidium (F23003) pour évaluer la viabilité des cellules avec les compteurs de cellules à fluorescence automatisés de la famille LUNA™. Les cellules nucléées viables présentent une fluorescence verte, tandis que celles qui ne sont pas viables présentent une fluorescence rouge. En raison du transfert d'énergie par résonance de Förster (FRET), le signal de l'iodure de propidium absorbe le signal de l'acridine orange dans les cellules non viables, ce qui garantit l'absence de résultats doublement positifs.