Une coloration à l'acridine orange/iodure de propidium est utilisée pour déterminer la viabilité des cellules nucléées. Le colorant rend les cellules nucléées non viables rouge en fluorescence, tandis que les cellules nucléées viables sont vertes en fluorescence. La coloration à l'orange acridine/iodure de propidium peut être utilisée pour évaluer la viabilité des cellules avec les compteurs de cellules à fluorescence automatisés de la famille LUNA™.

L'acridine orange pénètre les cellules et se lie aux acides nucléiques. La liaison à l'ADNdb provoque une fluorescence verte de l'acridine orange et la liaison à l'ADNss ou à l'ARN la provoque une fluorescence rouge. L'iodure de propidium se lie aux acides nucléiques. Ne pouvant pas pénétrer lorsque les membranes cellulaires sont intactes, l'iodure de propidium est absorbé par les cellules non viables et les cellules dont la membrane est compromise. Une fois lié aux acides nucléiques, sa fluorescence augmente de 20 à 30 fois et provoque la fluorescence rouge de la cellule. En raison du transfert d'énergie de résonance de Förster (FRET), le signal d'iodure de propidium absorbe le signal d'acridine orange dans les cellules non viables, garantissant ainsi l'absence de résultats doublement positifs.