L'iodure de propidium marque les acides nucléiques. Les cellules non viables et les cellules dont les membranes sont endommagées sont les seules à pouvoir absorber l'iodure de propidium. Les cellules aux membranes intactes ne laissent pas l'iodure de propidium entrer. Une fois lié aux acides nucléiques, sa fluorescence augmente de 20 à 30 fois et provoque une fluorescence rouge de la cellule.

Les compteurs de cellules à fluorescence automatisés LUNA™ peuvent utiliser la coloration à l'iodure de propidium (F23002) en combinaison avec l'acridine orange (F23002) pour évaluer la viabilité des cellules. Les cellules nucléées viables émettent une fluorescence verte et les cellules nucléées non viables une fluorescence rouge. En raison du transfert d'énergie par résonance de Förster (FRET), le signal de l'iodure de propidium absorbe le signal de l'acridine orange dans les cellules non viables, ce qui garantit l'absence de résultats doublement positifs.