La tinción de naranja de acridina/yoduro de propidio se utiliza para determinar la viabilidad de las células nucleadas. El colorante hace que las células nucleadas no viables presenten una fluorescencia roja, mientras que las células nucleadas viables presentan una fluorescencia verde. La tinción de naranja de acridina/yoduro de propidio puede utilizarse para evaluar la viabilidad de las células con los contadores celulares de fluorescencia automatizados de la familia LUNA™.

Los ácidos nucleicos de las células viables se unen al naranja de acridina. Al unirse al dsDNA, el naranja de acridina emite fluorescencia verde, y al unirse al ssDNA o al RNA, emite fluorescencia roja. El yoduro de propidio se une a los ácidos nucleicos. El yoduro de propidio no puede penetrar en las membranas celulares intactas y, por tanto, es captado por las células inactivas y por aquellas cuyas membranas están dañadas. Una vez unido a los ácidos nucleicos, su fluorescencia se multiplica por 20 ó 30 y hace que la célula adquiera una fluorescencia roja. Debido a la transferencia de energía de resonancia de Förster (FRET), la señal del yoduro de propidio absorbe la señal del naranja de acridina en las células no viables, lo que garantiza que no haya resultados doblemente positivos.